Le PIREN-Seine se démarque par une implantation dans différents territoires du bassin, afin d’effectuer des mesures, échantillonner, ou enquêter auprès des acteurs locaux. Cette présence en de nombreux points stratégiques du bassin, appelés « sites ateliers », a permis au fur et à mesure des années de tisser des collaborations locales pérennes avec des collectivités, des syndicats de bassin versant, ou d’autres équipes scientifiques.