Ce qui fait la particularité du PIREN-Seine, c’est la relation que celui-ci entretient avec ses partenaires en charge de la gestion de l’eau dans le bassin. Depuis le début du programme en 1989, les scientifiques et gestionnaires du bassin dialoguent, afin que la recherche propose non seulement des connaissances appropriées aux problématiques rencontrées, mais également des outils utilisables pour les partenaires, ainsi que des visions prospectives du bassin éclairant la décision publique. En plus d’être acteurs dans la prise de décisions des actions de recherche, les partenaires accompagnent également les scientifiques au cœur de leurs études. Ainsi, le PIREN-Seine organise régulièrement des ateliers de réflexion à l’initiative des chercheurs, auxquels les partenaires viennent participer pour exprimer leurs besoins, rappeler les enjeux, et ainsi co-construire les actions de recherche au fur et à mesure de leur développement. Outre sa contribution au colloque annuel de restitution, dans lequel les chercheurs présentent leurs résultats, chaque partenaire siège également au comité de coordination du programme, et participe à la construction des phases du programme.