L’évaluation et l’étude de l’évolution de la qualité de l’eau font partie des objectifs historiques du PIREN-Seine, qui s’est engagé depuis sa création en 1989 à estimer l’impact de l’agglomération parisienne et des activités humaines sur les milieux aquatiques. Les chercheurs du programme ont ainsi travaillé à l’amélioration du suivi des milieux, en apportant des connaissances et des outils nécessaires à l’amélioration de sa qualité, en instrumentant le bassin de la Seine par des réseaux de capteurs, en produisant des modèles hydroécologiques et une analyse rétrospective de la pollution.