Les contaminants sont étudiés depuis les débuts du programme en 1989, et les premières études sur l’impact de l’agglomération parisienne sur l’aval de la Seine. Depuis cette période, de nombreux contaminants ont été étudiés. De la contamination métallique aux microplastiques en passant par les pesticides et les résidus pharmaceutiques, le programme est aujourd’hui riche d’une vaste documentation scientifique sur les contaminants dans le bassin de la Seine. Cette recherche approfondie se traduit également par une meilleure compréhension des conséquences que peuvent avoir ces produits et leurs dérivés dans le milieu naturel, notamment grâce à des méthodologies innovantes et en constante évolution : approches différenciées en fonction des substances, archives sédimentaires, et interrogations sur les sources, les transferts et les conséquences écotoxicologiques.