Le résistome des sédiments et des biofilms est-il enrichi en gènes marqueurs de l’anthropisation de l’hydrosystème : intégrons cliniques ou gènes de résistance aux métaux ?

Le résistome des sédiments et des biofilms est-il enrichi en gènes marqueurs de l’anthropisation de l’hydrosystème : intégrons cliniques ou gènes de résistance aux métaux ?

Thierry BERTHE1

1 UMR CNRS 6143 M2C, Normandie Université

 

Les intégrons, systèmes propres aux bactéries qui leur permet de développer des résistances génétiques à des modifications de leur environnements, sont actuellement étudiés, notamment pour leur rôle dans le développement de l’antibiorésistance.

Ici, l’objet de l’étude est de déterminer si l’anthropisation du bassin de la Seine pouvait être corrélée avec une augmentation de la résistance génétique des bactéries des sédiments et du biofilm particules métalliques. L’objectif est de savoir si ces bactéries s’adaptent rejets issus des activités humaines. Cette étude s’inscrit dans un cadre plus large à l’échelle du bassin de la Seine, impliquant le GIP Seine-Aval pour la partie estuarienne

Cinq métaux ont été étudiés au regard des intégrons cliniques des classes 1, 2 et 3 : le cobalt, le zinc, le cadmium, le cuivre, et l’argent. Une analyse sur le mercure est également à l’étude actuellement.

Des études précédemment menées au PIREN-Seine avaient établi l’omniprésence des gènes de résistance au cobalt, au zinc, au cadmium et au cuivre dans les sédiments et le biofilm, et du gène de résistance à l’argent dans les sédiments uniquement. Il s’agit maintenant de détecter les gènes impliqués dans le système des intégrons, les gènes intl, qui pourront donner une représentation de la dissémination de la résistance génétique dans les différents milieux.

Pour les intégrons de classe 1, la présence des gènes intl_1 a été révélée aussi bien dans le biofilm que dans les sédiments. Les variations saisonnières sont très marquées, et la répartition le long de l’axe Seine semble bien être corrélée avec l’importance des activités anthropiques de la région. Cette tendance est particulièrement visible dans l’étude du biofilm type « membra       ne » et dans les sédiments, moins dans le biofilm végétal. Les intégrons de classe 3 sont présents, mais en quantité trop faible pour être interprétable. Les intégrons de classe 2  ne sont pas détectés.

L’abondance et la répartition des intégrons de classe 1 indiquent donc une forte corrélation avec les pressions anthropiques, notamment dans l’usage saisonnier des antibiotiques, mais également dans l’importance de l’activité humaine le long de l’axe amont-aval. D’autres campagnes d’analyse sont prévues dans les mois à venir pour compléter ce travail et affiner les résultats acquis.

 

Résumé de la présentation par l'auteur

Présentation

 

Discussion :

Question : Comment vous affranchissez-vous du facteur d’inhibiteur métallique, qui est très présent dans les environnements que vous étudiez ?

Réponse : Avec de la dilution. Lorsqu’on dilue et qu’on passe d’un facteur 10 à un facteur 1000, il n’y a vraisemblablement plus d’inhibiteurs dans notre échantillon.

On voit une variabilité saisonnière de la résistance. Est-ce que cela veut dire qu’en fonction de la saison ou de l’environnement, cette résistance certes s’acquiert, mais peut donc se perdre ?

C’est la question qu’on se pose, et c’est ce qu’on va essayer de déterminer avec les campagnes suivantes. Il est en effet possible que lorsque la pression se fait moins forte, la résistance diminue dans la population.