Abundance of culturable versus viable Escherichia coli in freshwater

Les méthodes approuvées traditionnellement utilisées pour l’énumération des Escherichia coli dans l’eau sont basées sur la mise en culture. Cependant, ces méthodes peuvent sous-estimer l’abondance de E. coli dans les systèmes aquatiques car elles ne prennent pas en compte les cellules qui demeurent viables mais qui ont perdu leur capacité de cro{\^ıtre dans ou sur les milieux de culture. Nous avons examiné, dans des échantillons d’eau douce, l’abondance des (i) E. coli cultivables, comptées par la méthode MPN en microplaques, et (ii) E. coli viables, estimées par une méthode appelée DVC-FISH, qui couple l’hybridation in situ en fluorescence et un test de viabilité. Le ratio des cellules E. coli cultivables sur les cellules viables était proche de 1 dans les eaux fortement contaminées (échantillons comportant de hautes concentrations de E. coli cultivables), mais diminuait radicalement dans les échantillons faiblement contaminés. Ceci indique la présence d’une haute proportion de E. coli viables mais non cultivables dans ces échantillons. Des expériences en microcosme ont montré que certains facteurs environnementaux tels que la faible teneur en nutriments et l’irradiation solaire pouvaient mener à la présence d’une haute proportion de E. coli viables mais non cultivables.